Al solucionar el puzle, normalmente aparece una imagen. En Picross 3D, los jugadores tallan distintos objetos en un bloque macizo, eliminando los cubos extra según la información numérica que aparece en las filas y columnas. El juego introduce nuevos elementos y tácticas y ofrece más contenido, hasta 350 objetos que han de ser descubiertos. Una vez que un objeto haya sido revelado, cobrará vida en forma de una corta y divertida animación.
Picross 3D cuenta con la ventaja de tener menos reglas que Picross DS. El juego sólo requiere que el jugador utilice las leyes de la lógica. No hace falta que deduzca qué bloques podrían ser rellenados o no según las contradicciones que arroja la comparación de distintas filas.