Inspirado en la conocida serie de animación Beyblade, esta nueva entrega traslada todas las habilidades de los personajes a la pantalla de la Nintendo DS, dando la posibilidad a los jugadores de customizar su propia peonza Beyblade y hacerse con los 37 personajes de la serie. La mecánica del juego es tan sencilla como los propios juguetes Beyblade y serán los mismos jugadores los que tendrán que controlar los tiempos de ataque para lanzar a sus oponentes fuera de la arena, manteniendo su Beyblade girando en todo momento.

Todos los elementos de Beyblade Metal Masters: Nightmare Rex han sido diseñados con el objetivo de simplificar los sistemas de control a la vez que se han incrementado las tácticas. Así, los jugadores pueden lanzar sus Beyblade en una batalla, realizando ataques combinados, como el ataque de buceo "Pegasus", donde romperán las unidades de su contrincante, consiguiendo movimientos espectaculares, y así hacerse con la victoria.

El nuevo juego está estrechamente vinculado con la gama de juguetes, cada vez más populares, de Hasbro. Además los jugadores pueden introducir los códigos que se incluyen en los juguetes de la serie Beyblade para desbloquear pantallas inéditas del juego. En total, Beyblade Metal Masters: Nightmare Rex proporciona cientos deopciones para mejorar su Beyblade básico , como es el caso de los puntos de experiencia se conseguirán para dotar a su Beyblade con BEY FUERZA y ganar las competiciones con mayor fortaleza. Estos puntos de incremento de potencia pueden usarse en distintas variaciones de modo multi-jugador que complementan los elementos sociales de la serie. El "Modo Batalla" inalámbrico te permite tener enfrentamientos con otros jugadores, mientras que cientos de modos Misiones y Supervivencia te permite mejoras tus habilidades.