En esta edición, el detective más famoso de los videojuegos se enfrenta al caso de la Caja de Pandora. Todo aquel que la abre acaba muerto poco tiempo después. Es una antigua reliquia de origen griego llamada la Caja Elísea y, según reza la carta firmada por tu antiguo mentor, ahora está en su poder. Poco después de recibir la misiva, el anciano maestro de Layton aparece muerto. Cuando Layton y su joven pupilo Luke registran la escena del crimen encuentran un billete para el lujoso tren Molentary Express. Ésa es la pista que vas a seguir para adentrarte en el segundo caso del detective de moda. Antes de desentrañar el misterio de la reliquia te tendrás que enfrentar a más de 150 rompecabezas que te tendrán horas contemplando tu consola portátil: simplemente pensando.