Ratohnhake:ton estará de nuevo encarnado por Desmond, a través del Animus 3.0. El argumento estará situado entre los años 1753 y 1783 en las ciudades de Boston y Nueva York. Se narrarán una buena cantidad de momentos históricos, entre ellos masivas batallas con miles de personajes en pantalla, en las cuales el protagonista desempeñará un papel importante y se presentarán personalidades históricas como George Washington, Benjamin Franklin y Charles Lee, aunque la relación más directa en el juego la tendremos con Washington.

El gremio de los asesinos regresa con más opciones, aunque el gremio de los mercenarios será sustituido por uno de similares características. Prácticamente un tercio de las misiones se desarrollarán en entornos silvestres que se verán afectados por el paso de las estaciones con lagos helados en invierno que serán navegables en el resto de estaciones. También se ha incluido el sistema de viaje rápido y se ha mejorado el sistema de economía, pues se podrán cazar animales con un arco tomahawk, con la posibilidad de vender su piel. Los puzles del Animus de Assassin’s Creed: Revelations regresan, aunque se ha eliminado la parte de “Defensa de torres.” La sincronización se mantiene con algunos retoques, que aumentarán el premio por conseguir el total de sincronización en las misiones.