En esta nueva aventura, Phineas y Ferb, los traviesos hermanos más famosos de la televisión, viajarán con el Agente P a través de nuevas dimensiones en las que deberán enfrentarse al Dr. Doofenshmirtz.
Phineas y Ferb: A Través de la Segunda Dimensión permitirá elegir entre 10 personajes y jugar a 2 personas a la vez en modo cooperativo. La acción transcurrirá en mundos con estética de dibujos animados de 1928, una tierra habitada por gnomos de jardín y un universo paralelo formado por gelatina. Los jugadores deberán superar 25 niveles para lograr salvar el mundo, utilizando armas como el Carbonator, que dispara naranja carbonatada que derrite a los adversarios, o los Guantes Ninja, que permiten a los personajes pegarse a las paredes.