Para disfrutar de la app, los usuarios comenzarán por crearse rápidamente un personaje Mii que ejercerá de intermediario social, y para ello, definirán sus rasgos faciales, la forma de sus ojos, el corte y color del pelo, así como su voz y personalidad. Si no quieren partir de cero, también podrán hacerse una foto con la cámara del smartphone o tableta, que luego será transformada en Mii, o bien importar el Mii desde la consola Wii U o Nintendo 3DS, usando un código QR. Una vez que esté listo el Mii, se podrá añadir amigos en persona (vía conexión Bluetooth de los dispositivos) o usando las cuentas de Facebook o Twitter.
Completado este paso, llega la hora de responder algunas preguntas. Miitomo crea conversaciones y transforma discusiones en una forma de juego al animar a los usuarios a responder a todo tipo de preguntas e ir averiguando datos sobre amigos que no conocías. Un ejemplo: puede que sepas que la comida favorita de tu mejor amigo es la pizza, pero quizá no te habías enterado de su pasión secreta por la polka. Todas las respuestas son compartidas entre los amigos que tengas en la app, iniciando divertidas conversaciones, ya que al leer las respuestas de tus amigos, puedes comentar directamente sobre ellas con texto o con una imagen.
Los usuarios podrán vestir a su Mii con todo tipo de prendas y accesorios o disfrazarlos con extrafalarios atuendos. A medida que se utilice la app, se ganarán monedas Miitomo, que pueden canjearse por ropa en la tienda del juego. También se podrán conseguir más monedas comprándolas desde la app.
Como ya se confirmó, junto con el lanzamiento de Miitomo en marzo llegará también My Nintendo, un servicio que pretende convertirse en mucho más que un programa de recompensas tradicional y que recompensará a los usuarios por interactuar con productos y servicios de Nintendo. Los usuarios que creen su cuenta Nintendo antes del lanzamiento de Miitomo también recibirán Puntos Platino para el nuevo programa de recompensas My Nintendo, que se lanzará de manera simultánea con Miitomo.