En el título, los jugadores deberán tomar el papel de Peter Delacoeur, un agente del MIB, todavía en fase de entrenamiento, cuya misión es encontrar y detener a los alienígenas que buscan destruir nuestro planeta. Durante esta aventura Delacoeur podrá contar con el apoyo de otro agente, mediante juego cooperativo en pantalla dividida, además de enfrentarse en intensas batallas competitivas hasta con tres jugadores adicionales.

La historia del juego busca mantenerse ubicada dentro del universo de Men in Black, por lo que ha sido creada y desarrollada por Jeff Gomez and Mark S. Pensavalle, de Starlight Runner Entertainment, una compañía que se dedica a transportar franquicias de exito a nuevos medios de distribución. Por otro lado, la historia de la película sigue las aventuras de los agentes J y K, quienes continúan manteniendo el orden en la Tierra y promoviendo la cooperación entre la especie humana y las razas alienígenas.