Se pueden combinar alienígenas y unidades de soldados para formar un escuadrón propio, equipando a los soldados con varios tipos de armaduras, armas, objetos y habilidades basadas en su clase con miles de combinaciones posibles. Estos escuadrones de hasta seis unidades pueden ser agrupados para luchar desde pequeñas batallas, hasta las más épicas. Estas se pueden establecer por límite de turnos o por límite de tiempo. Además, al igual que ocurre en la campaña, la niebla puede dejar ocultas las unidades del enemigo hasta que se encuentren en el campo de batalla, creando así esa tensa espera tan característica de la saga. "A lo largo de la historia de la saga XCOM, los jugadores han actuado como la última esperanza del mundo contra la invasión extraterrestre", dijo Jake Salomón, Diseñador Jefe del juego. "Con el modo multijugador de XCOM: Enemy Unknown, los jugadores podrán descubrir qué se siente al mando de unidades alienígenas para dar rienda suelta a la destrucción del Planeta Tierra o defenderlo con un pelotón de soldados XCOM y alienígenas."