Alex Mercer
Alex Mercer era un brillante científico que trabajaba para Gentek (el área de investigación de los Blackwatch), antes del estallido del virus en Nueva York. Ha trabajado directamente sobre el virus, aumentando su letalidad en un 1000%. Cuando las investigaciones que estaba llevando a cabo fueron canceladas por los Blackwatch, éstos decidieron poner fin a su vida, para cerrar completamente el expediente, y todos los datos relacionados con el virus. Aunque intentó huir, Mercer fue perseguido y, tras verse arrinconado en la Estación de Penn, decidió liberar el virus Blacklight. Asesinado por los soldados, su caso se consideró cerrado.
Sin embargo, el cuerpo de Mercer estaba infectado por el virus, lo que le hizo regresar de la muerte. El Blacklight le concedió habilidades sobrehumanas, y se dedicó a su investigación, y a proteger a NY de la devastación realizada por los Blackwatch.
Alex Mercer es un antihéroe, por las formas en las que lleva a cabo sus obras, así como por su personalidad. Sus motivaciones y planes son absolutamente personales y, en ocasiones, actúa sin remordimiento, consumiendo la energía de los inocentes. Triste e impaciente, nunca ha mostrado afecto hacia nadie, excepto por su hermana, Dana, y por su novia (a la que acabó matando, ya que lo delató frente a los Blackwatch).
Sargento James Heller
El Sargento James Heller era un militar de los Estados Unidos, con residencia en la ciudad de New York durante el primer brote del virus Blacklight; con la segunda oleada de la infección, permaneció en la zona de Oriente Medio. Su esposa, Colette, y su hija, Maya, fallecieron como consecuencia del primer brote del virus. Desde el departamento de los Blackwatch se hace responsable del brote a Alex Mercer, por lo que Heller se enrola en las patrullas de control de la Zona Roja de infectados, esperando su oportunidad para encontrar a Mercer y vengar a su familia.
Heller cuenta con los conocimientos y el entrenamiento militar. Antes del fallecimiento de su familia, su vida era plena y feliz. Tras su desaparición, Heller se transformó, volviéndose un hombre triste, grosero e impaciente, una sombra de lo que fue. En la primera parte de Prototype 2, Heller se enfrenta en la Zona Roja de NY a Mercer, aunque no puede acabar con él. Mercer, impresionado por el poder de Heller, decide infectarle con el virus.
Padre Guerra
El Padre Guerra es un sacerdote católico, que vive en la Zona Amarilla de Nueva York. En el pasado, dirigió un grupo de la resistencia frente a los Blackwatch. Es la figura confidente y aliada de Heller.
Guerra es un hombre de buen corazón, la imagen del sacerdote que alimenta a los hambrientos. Su preocupación por Heller, le lleva incluso a poner en riesgo su propia vida.
Cuando el pueblo se dio cuenta de las atrocidades que estaban llevando a cabo los Blackwatch en la Zona Amarilla, el Padre Guerra comenzó un movimiento de resistencia, que liberó a muchos de los ciudadanos que se encontraban secuestrados en los laboratorios Gentek de pruebas con el virus, y difundió públicamente algunas de sus campañas. El Padre Guerra, horrorizado por las atrocidades y la frustración, reside en el interior de su iglesia.
Dana Mercer
Dana es la hermana de Alex Mercer. Antes de la expansión del virus, ambos trabajaron conjuntamente en el proceso de investigación en Gentek. Absolutamente leal a su hermano, mantendrá su apoyo ante cualquier obstáculo.
Dana es una persona de buen corazón, honesta y cariñosa. Poseedora de unas innatas habilidades técnicas y científicas, posee unos elevados conocimientos sobre genética y virología. Su paradero actual es desconocido.
