La secuela del videojuego de 2009, Prototype 2 muestra la historia de la persecución por acabar con el prototipo original, y continúa la experiencia para generar las armas más letales, hasta alcanzar el objetivo final, acaba con Alex Mercer. Prototype 2 pendiente de clasificación PEGI, está siendo desarrollado para Xbox 360, PlayStation 3 y PC.
Prototype 2 - Welcome to New York Zero