El nuevo título del desarrollador WayForward Technologies combina la lucha y plataformas 2D con el estilo 3D de la serie de animación y será lanzado a finales de este año para Xbox 360, PlayStation 3 y Nintendo 3DS. La Amenaza del Mutágeno presenta nuevos escenarios, aliados y amenazas. El juego pasa a la acción cuando Shredder, Tiger Claw y un nuevo ejército de mutantes amenazan las calles de Nueva York, obligando a Leonardo, Raphael, Donatello y Michelangelo a tomar medidas. La principal característica es su mundo a explorar, que puede jugarse de forma no lineal y en el que las diferentes zonas están conectadas, de forma que recompensa la exploración. Poderes, mejoras y equipamiento dispersos por Nueva York así como la Dimensión X, también permitirán acceso a los jugadores nuevos escenarios que explorar, secretos que descubrir y jefes que combatir.

A lo largo de la aventura será posible cambiar en todo momento entre las cuatro tortugas, cada una de ellas con sus propias habilidades, poderes y estilos de juego. El combate promete ser rápido, poniendo el acento en el dominio de las artes marciales del grupo, gracias a los combos de ataques y lanzamientos de objetos.