En el juego, Rex deberá luchar contra el malvado Van Kleiss y sus subalternos para evitar la destrucción de la tierra. Estos malévolos personajes conocidos como E.V.O.s, han sido infectados con nanorobots que han modificado su estructura y los han transformado en monstruos. Una organización secreta, Providence, contará con la ayuda de Rex para acabar con estos seres. Podremos recorrer distintos escenarios como la jungla, el desierto o el corazón de las ciudades más cosmopolitas, creando nuevas armas en cada escenario para acabar con los E.V.O.s y sus poderes.