Radical Entertainment, junto con Dark Horse Comics, se han unido para crear una serie de cómics basada en el universo Prototype. La nueva serie de cómics se divide en tres historias originales, que desvelan los acontecimientos sucedidos entre el primer juego de esta franquicia, y la secuela Prototype 2. La primera historia ‘The Anchor’, ilustrada por Paco Díaz, continúa la historia de Alex Mercer, protagonista del primer juego; por su parte, la segunda historia ‘The Survivors’, ilustrada por Chris Staggs, cuenta la historia de un grupo de residentes de la ciudad de Nueva York, que busca la forma de escapar tras el azote del virus Blacklight. La tercera y última historia, con ilustraciones de Victor Drujiniu, tiene por título ‘The Labyrinth’, y ofrece una visión de la historia desde el punto de vista del protagonista de Prototype  2, el sargento James Heller. Cada serie de cómics se encontrará disponible en DigitalDarkhorse cada dos semanas, a partir del 15 de febrero de 2012.