PES 2012 3D pretende ofrecer un realismo sin igual así como la licencia de UEFA Champions League,  por lo que los aficionados a este nuevo título podrán recrear esta competición y otros torneos como la Copa Santander Libertadores.

El juego ofrece un control total en cada pase, pase al hueco, entrada y disparo de cada jugador;  movimientos  accesibles a través del Pad circular y los botones, o también a través del nuevo sistema de control Touch Screen, donde los usuarios utilizan el stylus para mover a sus jugadores.

Un ejemplo del potencial de PES 2012 3D es la multiplicidad de puntos de vista de la cámara panorámica que permite cubrir el campo de acción de juego en una demostración más de las posibilidades que ofrece el sistema 3D de la portátil.

El modo de juego Liga Máster  se ha convertido en una parte primordial de PES 2012 3D, permitirá a los usuarios construir un equipo lleno de jugadores desconocidos que pueden llegar a convertirse en una importante fuerza deportiva. En paralelo, la recientemente incorporada opción de Ser una Leyenda transmite una perspectiva más personal de la carrera futbolística, procurando que el usuario experimente el progreso de un jugador que quiere llegar a ser uno de los mejores jugadores del mundo.

En el apartado de novedades, también destacar la integración de los modos Liga y Copa, Entrenamiento Libre, y el modo Edición, donde se podrán ajustar y editar las características de los jugadores y sus equipaciones. PES 2012 3D también incorpora como novedad principal para esta temporada el modo Online, siguiendo las sugerencias de los aficionados al título. Ahora se podrán jugar partidos de uno-contra-uno sin cables, a través de los ajustes de Nintendo Wi-Fi Connection, además de la opción StreetPass de intercambio de datos. De esta manera, se podrá intercambiar información de los equipos de la Liga Máster, pudiéndose enfrentar a estos equipos controlados por la máquina.