Aunque son diferentes de la serie 'Super Smash', los amiibo que estén en ambas colecciones, como Mario, Luigi y Peach, podrán utilizarse en los mismos juegos y de las mismas formas. Finalmente se ha confirmado que el amiibo Toad será compatible con 'Captain Toad: Treasure Tracker', ofreciendo un nuevo modo de juego en el habrá que encontrar Toad pixelados escondidos por los niveles. Esta función estará disponible con una actualización de software el próximo 20 de marzo.