Según avanza el juego, se descubrirá la historia que cierra los finales que habían quedado abiertos, con personajes como Laughing Octopus, Raging Raven, Crying Wolf, y Screaming Mantis explicando en sus historias individuales cómo se convirtieron en lo que son. Por ultimo, ‘Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots’ incluye el 'Metal Gear Mk. II droid', un traje controlado por control remoto que permite a Snake adoptar técnicas de camuflaje, así como el sistema de combate CGC (Close Quarters Combat).
