Masuda se incorporó a Game Freak inc. en 1989, y ha participado en la creación de todos los videojuegos de la serie Pokémon desarrollados desde su lanzamiento original. Miembro de la junta directiva de la compañía, Masuda es además responsable de distintas partes del proceso creativo de los videojuegos Pokémon, con funciones que incluyen el diseño del juego, la composición musical, la elaboración de los guiones así como la programación.