Han pasado mil años desde que se produjeron los acontecimientos del Final Fantasy Crystal Chronicles: The Crystal Bearers original. La destrucción del cristal Yuko durante la Gran Guerra por fin le ha dado prosperidad a la victoriosa tribu Lilti, la tribu derrotada, la Yuko, se enfrenta a la aniquilación y el mundo tiene ante sí una nueva era de ciencia y razón. En esta nueva era existe una extraña raza de poderosos seres llamados "portadores del cristal", por cuyas supuestas habilidades mágicas son temidos y rechazados por la gente.