En 'Kirby y el Pincel Arcoíris' se podrá jugar en modo cooperativo con hasta tres amigos gracias al modo Multijugador. El que controle a Kirby podrá dibujar las líneas del arcoíris con el GamePad, mientras que los jugadores que utilicen el mando de Wii podrán ayudar a Kirby a descubrir todos los coleccionables que esconde el juego, además de resolver puzles y desbloquear zonas escondidas.

Finalmente se ha confirmado que los amiibo de Kirby, el Rey Dedede y Meta Knight serán compatibles con el juego y podrán utilizarse una vez al día para proporcionar habilidades especiales al protagonista. Al pasar el amiibo de Kirby por el GamePad, se desbloqueará el turbo estelar, el Rey Dedede proporcionará un sombrero con seis barras de vida en lugar de las cuatro habituales, y Meta Knight proporcionará una máscara que permite derribar a los enemigos más débiles.