Como añadido al argumento descrito en la expansión de 2010, en City of Heroes Going Rogue, los jugadores podrá tomar parte en las nuevas Pruebas Incarnate, encuentros en grupos establecidos mediante una serie de innovadores mecanismos de juego que pondrán a prueba incluso a los personajes más poderosos. La acción tiene lugar en el aparentemente utópico imperio de Praetoria, donde Héroes y Villanos se verán desafiados por una amenaza cósmica que pretende destruir ambos mundos. Los jugadores que consigan superar con éxito los nuevos desafíos de equipo verán incrementado su poder y, quizás, incluso podrán superar a los legendarios personajes del universo City of Heroes.