Prototype 2, continua con la historia de Alex Mercer, un brillante científico que trabajaba para Gentek (el área de investigación de los Blackwatch), antes del estallido del virus en Nueva York. Ha trabajado directamente sobre el virus, aumentando su letalidad en un 1000%. Cuando las investigaciones que estaba llevando a cabo fueron canceladas por los Blackwatch, éstos decidieron poner fin a su vida, para cerrar completamente el expediente, y todos los datos relacionados con el virus. Aunque intentó huir, Mercer fue perseguido y, tras verse arrinconado en la Estación de Penn, decidió liberar el virus Blacklight. Asesinado por los soldados, su caso se consideró cerrado. Sin embargo, el cuerpo de Mercer estaba infectado por el virus, lo que le hizo regresar de la muerte. El Blacklight le concedió habilidades sobrehumanas, y se dedicó a su investigación, y a proteger a Nueva York de la devastación realizada por los Blackwatch.

Prototype 2 - DLC Excessive Force