Como nuevas características para la portable de Nintendo, Puzzle Blobble Universe ofrece nuevos efectos visuales y dos modos de juego: Modo Puzle, en el cual el jugador viaja a 8 mundos diferentes para rescatar a sus amigos. Cada mundo contiene 10+1 fases para un total de 88 fases en todo el juego; Y el Modo Desafío, donde el jugador puede elegir de entre una serie de desafíos, entre los que se pueden encontrar el modo Burbujas sin fin y juegos cronometrados en donde tendrás que hacer explotar el número máximo de burbujas en 100 o 300 segundos.