El juego prosigue la historia de Meruru, la princesa del pequeño reino de Arls, al noroeste de la frontera de la República de Arland. Desde siempre estuvo en contacto con la alquimia a través del afamado aventurero Helmold, por lo que Meruru quería convertirse en una gran alquimista. Con la guía de Totori se prepara para mejorar el reino de Arlas utilizando el poder de la alquimia. La versión PlayStation Vita incluye nuevos trajes, un nuevo final, reforzados jefes finales, todos los contenidos descargables de PS3, nuevas ilustraciones, así como la compatibilidad con la pantalla táctil.