Esta última entrega ofrece una experiencia de juego ampliada con dos historias distintas para los dos protagonistas del juego – Escha y Logy. Por primera vez en la serie el título permitirá a los jugadores escoger a su personaje principal, ya sea Escha o Logy, el cual ofrecerá una perspectiva única de la historia y experiencia de juego. La historia de Escha es cuento acerca de las aventuras cotidianas de una alquimista muy conocida por los fans de la serie Atelier, mientras que la historia de Logy supone una aproximación al juego desde una vertiente más oscura, plena de elementos RPG tradicionales y centrada en la exploración del mundo.

En cuanto a sus características principales contamos con dos protagonistas, dos historias, más jugabilidad. En función de que protagonista elija el jugador, la historia y los acontecimientos de desarrollarán de diferentes perspectivas. "Para jugadores que disfruten con la tradicional serie Atelier, la historia de Escha cumplimentará sus necesidades de alquimia RPG. Para jugadores que disfruten de un clásico RPG o para los recién llegados a la serie, pueden escoger ¡la historia de Logy para comenzar su Aventura por el universo Atelier!"

El argumento nos sitúa en un mundo que se ha sumido en el crepúsculo y lentamente se aproxima a su fin. Dentro de este mundo, en los límites occidentales de la 'Land of Dusk', había una nación que prosperó gracias a la utilización de la alquimia. Allí para sobrevivir a la llegada de un eventual 'Crepúsculo Final', los más devotos emplearon sus esfuerzos para redescubrir y recrear las perdidas tecnologías de la alquimia. Redescubierta esta tecnología del pasado se reproducía en las instalaciones de investigación de alquimia de la ciudad conocidas como la 'Central', donde las investigaciones se circunscribían a cómo detener el avance del ocaso. Uno de los héroes es un joven que investigó la alquimia en la Central, el otro, una chica que vive en una pequeña ciudad fronteriza. El nombre de ella es Escha. En el camino hacia la utilización de su conocimiento de la antigua alquimia para ayudar a otros, fue trasladada al Departamento de Desarrollo. El nombre del joven es Logy. Tras haber aprendido las más novedosas técnicas de alquimia en la Central, pidió su traslado a su ciudad casi deshabitada para utilizar sus habilidades y allí se encuentra con Escha cuando es trasladado al mismo lugar. Ambos hacen la promesa de usar su alquimia en conjunto y hacer que tenga éxito el Departamento de Desarrollo.