Pepito Grillo está inspeccionando el diario en el que solía documentar su primera aventura con Sora cuando descubre un misterioso mensaje. El no lo había escrito – ¿cómo había llegado allí? El Rey Mickey está dispuesto a salir de dudas, así que él y sus amigos digitalizan el diario para intentar descubrir sus secretos. Dentro de este paisaje de ficheros vive un segundo Sora que está a punto de embarcarse solo en una aventura totalmente suya.

Situado cronológicamente tras los acontecimientos acaecidos en Kingdom Hearts II, Re:coded ofrece una nueva aventura en la que podremos revivir eventos y personajes de las anteriores entregas de la franquicia, con el fin de resolver el misterio descubierto por Pepito Grillo.