En ‘Minecraft: Story Mode’ los jugadores participan como un héroe, o heroína, llamado ‘Jesse’, el cual venera a la legendaria Orden de la Piedra, en la que se encuentran Gabriel el Guerrero, Ellegard la Ingeniera de Redstone, Magnus el Rebelde, y Soren el Arquitecto; vencedores del Dragón del Fin. Mientras se encuentra en el EnderCon con la esperanza de dar con Gabriel el Guerrero, Jesse y sus amigos descubrirán que algo terrible está pasando. El terror se desata, y habrá que emprender una búsqueda para encontrar a la Orden de la Piedra y salvar al mundo del olvido.

La historia continúa más allá de la temporada original, con tres nuevos episodios que forman el ‘Adventure Pass’, y narran los nuevos viajes de Jesse y sus amigos, perdidos en una sala de portales, que les llevan de un mundo al siguiente. ‘Minecraft: Story Mode’ cuenta con un elenco de estrellas, incluyendo Patton Oswalt como Jesse (chico), Catherine Taber como Jesse (chica), Brian Posehn, Ashley Johnson, Scott Porter, Martha Plimpton, Dave Fennoy, Corey Feldman, Billy West, John Hodgman, Paul Reubens, Sean Astin, Jim Meskimen, Melissa Hutchison, Yvette Nicole Brown, Jim Cummings, Kari Wahlgren, Stampy Cat, Stacy Plays, DanTDM (The Diamond Minecart), LDShadowLady, y CaptainSparklez entre otros.